원천세 수정신고 방법 — 퇴사자 누락 정정 순서와 가산세 계산

원천세 수정신고는 이미 제출한 원천징수이행상황신고서에 누락·오류가 있을 때, 당초와 같은 귀속연월·지급연월로 신고서를 다시 내는 절차입니다. 덜 낸 세액이 있으면 차액과 원천징수 등 납부지연가산세(미납세액의 3% + 하루 0.022%)를 함께 납부하고, 지방소득세와 지급명세서도 같이 고쳐야 합니다.

원천세 수정신고란 — 당초 신고서를 같은 연월로 다시 내는 것

원천세 수정신고란 원천징수의무자가 법정신고기한(지급한 달의 다음 달 10일)까지 원천징수이행상황신고서를 냈지만, 그 내용에 빠진 인원이나 틀린 금액이 있을 때 이를 바로잡는 신고입니다. 근거는 국세기본법 제45조이며, 관할 세무서장이 결정·경정해 통지하기 전까지 낼 수 있습니다. 원천세 신고·납부기한 자체는 소득세법 제128조가 정합니다.

실무에서 가장 흔한 계기는 퇴사자입니다. 월 중 퇴사한 직원의 마지막 급여나 퇴직금 지급분이 급여대장에서 빠진 채 신고가 끝나거나, 인원과 금액을 잘못 옮겨 적는 경우입니다. 이때 핵심 원칙은 하나입니다. 누락분을 이번 달 정기신고에 슬쩍 합쳐 넣지 않고, 당초 신고한 귀속·지급연월 그대로 수정신고서를 따로 작성합니다. 귀속연월이 달라지면 연말정산과 지급명세서의 월별 내역이 어긋나 뒤에서 더 큰 정정이 필요해집니다.

덜 낸 세액이 있다면 수정신고와 함께 차액을 납부하고, 가산세도 같이 계산해 냅니다. 반대로 더 낸 경우에는 수정신고가 아니라 다음 달 이후 원천세에서 차감하는 조정환급이나 경정청구로 처리합니다. 이 구분이 아래 판정표의 출발점입니다.

수정신고·기한후신고·경정청구·지급명세서 정정 — 상황별 판정표

이름이 비슷한 네 절차는 "기한 안에 신고했는가"와 "세액이 늘었는가 줄었는가"로 갈립니다. 먼저 내 상황이 어느 줄에 해당하는지 확인합니다.

경정청구는 법정신고기한이 지난 뒤 5년 이내에 할 수 있습니다(국세기본법 제45조의2). 다만 같은 해 안에 근로자에게 소득세를 많이 떼어 낸 경우라면 연말정산에서 정산되는 구조이므로, 원천세 과다납부가 회사 계산 착오인지 근로자 세액 정산 문제인지 먼저 가릅니다. 지급명세서 정정 절차와 원천징수영수증 재발급은 원천징수영수증 발급과 지급명세서 수정 방법에 따로 정리돼 있습니다.

누락 유형별 정정 절차표 — 퇴사자 누락부터 연말정산 반영 누락까지

실무 질문은 대부분 아래 네 유형 중 하나입니다. 유형마다 수정할 신고서의 연월과 함께 고칠 서류가 다릅니다.

퇴사자 누락은 "언제 지급했는가"가 기준입니다. 원천징수 시기는 소득을 지급하는 때이므로, 10월 31일 퇴사자의 마지막 급여를 11월 5일에 줬다면 근로소득 귀속월은 10월, 지급월은 11월이 되고 신고는 12월 10일까지입니다. 귀속과 지급이 다른 달이면 신고서 상단의 귀속연월·지급연월을 각각 정확히 적어야 합니다.

중도퇴사자는 퇴직하는 달의 급여를 지급할 때 연말정산을 해야 하므로(소득세법 제137조), 퇴사자 급여가 빠지면 연말정산 결과 칸(A02)도 함께 빠집니다. 중도퇴사자 연말정산의 계산 방법과 일정은 중도퇴사자 연말정산 계산과 처리 일정에서 이어서 볼 수 있습니다. 12월 말 퇴사자를 계속근로자와 함께 이듬해 2월에 정산할지는 퇴사일과 지급일에 따라 처리가 갈리므로, 판단이 애매하면 관할 세무서에 사실관계를 적어 확인한 뒤 신고합니다.

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원천징수이행상황신고서 수정 작성법 — 당초분·수정분 기재와 홈택스 순서

수정신고서는 정기신고서와 같은 양식을 쓰되, 신고구분에서 "수정"을 선택하고 당초분과 수정분을 위아래로 나란히 적습니다. 작성 원칙은 다음과 같습니다.

• 귀속연월·지급연월: 당초 신고서와 똑같이 적습니다. 이번 달 날짜로 바꾸지 않습니다.
• 당초분(위 줄): 처음 신고한 인원·총지급액·소득세 등을 그대로 옮깁니다. 종이 서식은 적색, 전자신고는 당초 신고 내역 불러오기로 채워집니다.
• 수정분(아래 줄): 고친 뒤의 최종 인원·총지급액·소득세를 적습니다. 차액이 아니라 수정 후 전체 금액을 적는 것이 원칙입니다.
• 바뀐 소득 코드만 고칩니다: 퇴사자 누락이면 간이세액(A01)·중도퇴사(A02)·퇴직소득(A21) 줄이 대상입니다.
• 납부세액: 수정분과 당초분의 차이가 추가 납부할 세액입니다. 가산세는 신고서 가산세 칸에 따로 적습니다.

홈택스에서는 원천세 신고 메뉴에서 신고구분을 수정신고로 고르고 당초 귀속·지급연월을 입력한 뒤, 불러온 당초 내역 아래에 수정 금액을 입력하는 순서로 진행합니다. 제출 후 납부서를 출력하거나 전자납부하고, 같은 날 위택스에서 지방소득세(특별징수분)를 수정합니다. 반기별 납부 승인을 받은 사업장(직전 연도 상시고용 20명 이하)은 상반기분은 7월 10일, 하반기분은 이듬해 1월 10일이 법정기한이므로, 수정신고도 반기 단위 신고서를 기준으로 고칩니다(소득세법 제128조).

가산세 계산 — 원천징수 등 납부지연가산세 산식과 예시

원천징수의무자가 세액을 덜 냈을 때 붙는 가산세는 원천징수 등 납부지연가산세 하나입니다(국세기본법 제47조의5). 산식은 두 부분의 합입니다.

• 정액분: 미납부·과소납부 세액 × 3%(국세기본법 제47조의5)
• 일할분: 미납부·과소납부 세액 × 법정납부기한 다음 날부터 납부일까지 일수 × 1일 0.022%
• 한도: 미납세액의 50%(국세기본법 제47조의5). 이 가운데 정액분과 납세고지일까지의 일할분 합계는 10%가 한도입니다(국세기본법 제47조의5).

1일 0.022%는 현행 국세기본법 시행령 제27조의4의 이자율로, 시행령 개정 때 바뀔 수 있으므로 신고 시점의 수치를 확인합니다. 일반 납세자의 과소신고가산세(제47조의3)와 달리 원천세에는 신고 가산세가 따로 붙지 않으며, 수정신고 감면(제48조)은 과소신고가산세를 대상으로 하므로 납부지연가산세는 일찍 낼수록 일할분이 줄어드는 방식으로만 줄어듭니다.

예시 계산 — 10월 귀속·10월 지급 급여에서 퇴사자 1명분 소득세 30만 원이 누락됐고, 법정납부기한은 11월 10일입니다. 12월 10일에 수정신고와 함께 납부한다고 가정합니다.

지방소득세 특별징수분에도 같은 구조의 납부지연가산세가 붙으며 근거는 지방세기본법 제56조입니다. 여기에 더해 지급명세서를 기한까지 내지 않았거나 내용이 불분명하면 지급명세서 가산세가 별도로 붙습니다. 근로소득 지급명세서 미제출은 지급금액의 1%, 제출기한이 지난 뒤 3개월 이내 제출하면 0.5%입니다(소득세법 제81조의11). 원천세는 맞게 고쳤어도 지급명세서가 빠져 있으면 이 가산세는 따로 판단되므로 다음 체크리스트로 함께 봅니다.

지방소득세·지급명세서까지 — 연쇄 정정 체크리스트

원천세 수정신고 하나로 끝나지 않는 이유는 같은 숫자가 세 군데에 들어가 있기 때문입니다. 원천세 신고서의 인원·금액은 지방소득세 특별징수 신고, 간이지급명세서·지급명세서, 연말정산 자료와 모두 맞아야 합니다.

• 원천세: 당초 귀속·지급연월로 수정신고서를 제출하고 차액·가산세를 납부했는가
• 지방소득세: 위택스에서 같은 연월 특별징수분을 수정하고 소득세의 10%를 납부했는가
• 간이지급명세서: 누락 인원의 해당 기간 근로소득 간이지급명세서를 제출하거나 정정했는가
• 지급명세서: 퇴직소득·근로소득 지급명세서에 누락자가 반영됐는가(제출기한 경과 시 3개월 안에 내면 가산세가 줄어듦)
• 연말정산: 중도퇴사자 원천징수영수증을 다시 발급해 본인에게 전달했는가
• 4대보험: 상실신고와 보수총액 신고의 퇴사일·보수가 원천세 수정 내용과 일치하는가
• 다사업장: 사업장별로 원천세를 신고하는지, 사업자단위과세·본점 일괄납부 승인을 받았는지에 따라 수정신고서를 내는 단위가 달라지므로 승인 여부를 먼저 확인했는가

4대보험 상실신고와 보수 기준이 바뀌는 시점은 2026 4대보험 요율과 공제 기준에서 함께 확인할 수 있습니다.

12~1월 퇴사자 처리 순서 캘린더 — 누락이 생기는 지점

퇴사자 누락은 연말연시에 몰립니다. 퇴직 확정, 최종 급여, 퇴직금, 원천세 신고, 연말정산이 몇 주 사이에 겹치고 담당자도 연말 마감에 묶이기 때문입니다. 아래 순서로 일정을 고정해 두면 누락 지점이 눈에 보입니다.

퇴직금은 퇴직일부터 14일 이내에 지급해야 하므로(근로자퇴직급여 보장법 제9조) 지급월이 급여 지급월과 달라지기 쉽습니다. 퇴직 정산 항목별 기한은 퇴직 정산 14일 체크리스트에, 연차수당이 퇴직금 평균임금에 들어가는지는 연차수당과 퇴직금 산입 기준에 정리돼 있습니다. 해고로 인한 퇴사라면 해고예고수당의 퇴직소득 처리도 같은 달 신고에 들어가므로 해고예고수당 지급 대상과 계산법을 함께 확인합니다.

누락이 반복되는 구조 — 퇴사 처리와 급여·원천세 마감이 분리돼 있을 때

같은 회사에서 퇴사자 누락 수정신고가 해마다 반복된다면 담당자 실수보다 구조 문제일 가능성이 큽니다. 퇴사 처리는 인사 시스템이나 메신저로, 급여 계산은 엑셀로, 원천세 신고는 홈택스나 세무대리인에게 따로 넘기는 구조에서는 퇴사 정보가 급여 마감 시점에 반영됐는지 확인하는 단계가 없습니다. 근태 기록을 내려받아 사람이 한 번 가공한 뒤 급여에 쓰는 흐름도 같은 지점에서 빠짐이 생깁니다.

급여 시스템에서 퇴사 처리와 급여 마감, 원천세 신고 자료가 한 데이터로 이어지면 달라지는 점은 세 가지입니다. 퇴사일이 입력되는 순간 해당 월 급여대장에 최종 급여·퇴직금 행이 생기고, 원천세 신고서의 소득 코드별 인원이 급여대장과 자동으로 맞춰지며, 귀속·지급연월이 지급일 기준으로 기록됩니다. 다만 연동 범위는 제품마다 다르고 별도 개발이 필요한 경우도 있으므로, 도입 전에 다음 조건을 데모로 확인합니다.

• 퇴사 처리 시 최종 급여·퇴직금·연차수당이 같은 화면에서 계산되는가
• 원천징수이행상황신고서 파일(소득 코드별 인원·금액)을 급여대장에서 바로 만들 수 있는가
• 지난 달 신고분을 고칠 때 수정신고용 당초분·수정분 비교 자료를 뽑을 수 있는가
• 지방소득세 특별징수와 간이지급명세서 자료가 같은 데이터에서 나오는가
• 세무대리인에게 넘기는 경우 마감 자료 전달 이력이 남는가

퇴사 확정이 급여·원천세 신고에 바로 반영되는 구조를 갖춘 제품의 차이는 원천세 신고까지 연결되는 급여 프로그램 비교에서 기준별로 살펴볼 수 있고, 신고 전 재검증 단계를 줄이는 관점은 원천세 신고와 급여 연동 확인 기준에 정리돼 있습니다.

임팩트플로우는 DX·AX 진단·비교·연결 플랫폼으로, 기업의 인사·급여 과제를 진단해 딱 맞는 솔루션과 개발사를 연결합니다. 인사 업무를 시스템으로 옮긴 회사들의 사례는 HR 업무 자동화 도입 사례에서, 분야별 솔루션 목록은 HR 솔루션 리스트에서 확인할 수 있습니다.

자주 묻는 질문

관할 세무서장이 해당 원천세를 결정·경정해 통지하기 전까지 할 수 있습니다(국세기본법 제45조). 기한 자체보다 중요한 것은 납부지연가산세의 일할분이 하루 0.022%씩 늘어난다는 점입니다(국세기본법 제47조의5). 누락을 발견한 달의 다음 정기신고일까지 기다리지 말고 바로 수정신고와 납부를 마치는 편이 가산세가 적습니다.

합치지 않습니다. 원천세는 귀속연월·지급연월별로 신고하므로 누락분은 당초 연월의 수정신고서로 따로 냅니다. 이번 달 신고에 합치면 월별 인원·금액이 지급명세서·연말정산 자료와 어긋나 지급명세서 정정과 추가 수정신고가 다시 필요해집니다.

납부할 세액이 늘지 않았다면 원천징수 등 납부지연가산세는 붙지 않습니다. 다만 신고서 인원과 지급명세서가 서로 맞지 않으면 지급명세서 불분명 여부가 문제될 수 있으므로, 원천세 신고서를 수정신고로 바로잡고 지급명세서 내역과 대조해 둡니다.

더 낸 세액은 수정신고가 아니라 다음 달 이후 원천세 신고서에서 차감하는 조정환급 또는 경정청구로 돌려받습니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 뒤 5년 이내에 할 수 있습니다(국세기본법 제45조의2). 근로자에게 더 떼어 낸 세액이라면 연말정산이나 근로자 본인의 경정청구로 정산되는지 먼저 구분합니다.

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원천세 수정신고는 판정표와 작성 원칙만 지키면 절차 자체는 단순하지만, 퇴사 처리와 급여 마감이 따로 움직이는 한 누락은 다음 달에도 반복됩니다. 임팩트플로우는 DX·AX 진단·비교·연결 플랫폼으로, 기업의 인사·급여 과제를 진단해 딱 맞는 솔루션과 개발사를 연결합니다. 인원과 급여 마감·원천세 신고 흐름을 알려주시면 퇴사 처리부터 원천세 신고까지 이어지는 급여관리 솔루션을 무료로 매칭해 드립니다.